---

Folding@home har for 2 dage siden lagt ud GPU
software, så ATI grafikkort også kan være med til at
regne på protein-foldninger.

Det er meget imponerende at de 198 aktive GPU'er laver
15 TFlops, sammenlignet med at ca 17000 Linux CPU'er laver
20 TFlops. Der går vel ikke mere end et par dage så er
de 20 TFlops passeret.

Der er næppe tvivl om at den totale regnekraft hos Folding@Home
vil stige voldsomt i årene fremover, der vil også være software
klar til Playstation 3.

http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/main.py?qtype=osstats

Martin.

---

Martin Andersen wrote:
> Folding@home har for 2 dage siden lagt ud GPU
> software, så ATI grafikkort også kan være med til at
> regne på protein-foldninger.
>
> Det er meget imponerende at de 198 aktive GPU'er laver
> 15 TFlops, sammenlignet med at ca 17000 Linux CPU'er laver
> 20 TFlops. Der går vel ikke mere end et par dage så er
> de 20 TFlops passeret.
>
> Der er næppe tvivl om at den totale regnekraft hos Folding@Home
> vil stige voldsomt i årene fremover, der vil også være software
> klar til Playstation 3.
>
> http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/main.py?qtype=osstats
>
> Martin.
what the deuce, heh, det dur ikke med to Martin Andersen'er. Hvorfor skal vi
også have så almindelige navne? :)

---

Martin Andersen wrote:


>> Martin.
> what the deuce, heh, det dur ikke med to Martin Andersen'er. Hvorfor skal
> vi også have så almindelige navne? :)
Tjo, men på den anden side, tænk hvis vi havde det sjældne navn
Bo Warming

---

> Tjo, men på den anden side, tænk hvis vi havde det sjældne navn
> Bo Warming

Er det et sjældent ? Jeg synes - lige meget hvad jeg åbner på min PC, så
dukker det op

--
Med venlig hilsen
Torben W. Hansen

---

"Martin Andersen" <andersen.martin@gmail.com> skrev i en meddelelse
news:4523c93b$0$147$157c6196@dreader2.cybercity.dk...
> Folding@home har for 2 dage siden lagt ud GPU
> software, så ATI grafikkort også kan være med til at
> regne på protein-foldninger.
>
> Det er meget imponerende at de 198 aktive GPU'er laver
> 15 TFlops, sammenlignet med at ca 17000 Linux CPU'er laver
> 20 TFlops. Der går vel ikke mere end et par dage så er
> de 20 TFlops passeret.

Og nu det er en videnskabs gruppe, så kunne man jo spørge hvorfor GPU
softwaren er så hurtig. Umilbart er mit gæt at det er lykkeds at udtrykke
det matematiske problem at folde proteiner som matrixoperationer på 4x4
matriser, som grafikkort jo er specialdesignet til at arbejde med. Og når
man tænker over det, så er foldning jo også netop en 3d operation, så det
lyder ikke helt hen i vejret at et grafikkort er god til at håndtere det.

Nogen der har en forklaring?

Mvh
Anders Lund

---

Anders Mølbjerg Lund wrote:
>
> Og nu det er en videnskabs gruppe, så kunne man jo spørge hvorfor GPU
> softwaren er så hurtig. Umilbart er mit gæt at det er lykkeds at udtrykke
> det matematiske problem at folde proteiner som matrixoperationer på 4x4
> matriser, som grafikkort jo er specialdesignet til at arbejde med. Og når
> man tænker over det, så er foldning jo også netop en 3d operation, så det
> lyder ikke helt hen i vejret at et grafikkort er god til at håndtere det.
>
> Nogen der har en forklaring?

Så vidt jeg har forstået det udregner man foldningen af proteiner ved
neurale netværk, men om det også er sådan de gør i F@H ved jeg ikke.

Jeg kan dog ikke umiddelbart se, hvad den fjerde dimension skulle bruges
til ved foldning af proteiner, da det jo ikke skal vises på en skærm
(hvilket den fjerde dimension ofte hjælper til med at gøre).

Men det er bestemt ikke et emne jeg ved meget om, så det kan sagtens
være at jeg tager fejl.

--
Why do fireflies die so soon?
http://www.jensercube.dk/sig.asp

---

> Jeg kan dog ikke umiddelbart se, hvad den fjerde dimension skulle bruges
> til ved foldning af proteiner, da det jo ikke skal vises på en skærm
> (hvilket den fjerde dimension ofte hjælper til med at gøre).

Nu er det ikke som sådan pga. en fjerde dimension at man bruger 4x4
matricer. Det er for at kunne få en translation med som matrixoperation. Det
kræver så igen homogene koordinater. Det vil sige at hvis man skal forholde
sig både til rotation i tre dimensioner og translation i samme tre
dimensioner, så skal man have 4x4 matricer. Jeg kender ikke noget til
foldninger, men det virker da naturligt at positionen af proteinerne har
noget at skulle have sagt..?