I en shell skriver du: 
xdpyinfo | grep "XFree86 version"
Hvis den viser en version mindre end 4.x, så fjern "-4" fra filnavnet nedenfor.
Åben filen /etc/X11/XF86Config-4 i din favorit teksteditor (husk at køre det som root) og find det sted der står Section "InputDevice". Det er dine musesettings. Jeg bruger en Logitech MouseMan Optical med 3 knapper og scrollhjul. Min XF86Config-4 ser således ud:
Section "InputDevice"
   Identifier   "Mouse0"
   Driver      "mouse"
   Option      "Device"      "/dev/mouse"
   Option      "Protocol"      "IMPS/2"
   Option      "Emulate3Buttons"   "no"
   Option      "ZAxisMapping"   "4 5"
EndSection
Så vidt jeg husker er det ZAxisMapping-settingen der styrer hjulet. Prøv at sammenligne dit eget setup med ovenstående.