Måske kan du bruge dette:
<html>
<head>
<script language=Javascript>
   function RunMe()
   {
      var IsMasterChecked = document.getElementById('MasterCheckbox').checked;
      var others = document.getElementsByName('UdvalgteCheckbokse');
      //Vælger ID eller Name = "UdvalgteCheckbokse" i IE, men kun Name = "UdvalgteCheckbokse" i Mozilla
      //Dvs at du har et problem (med Mozilla) ved at du vil have name="id[]" i dine checkbokse.
      for(i=0; i<others.length; ++i)
      {
            others[i].checked = IsMasterChecked;
      }
   }
</script>
</head>
<body>
<input type="Checkbox" id="MasterCheckbox" name="MasterCheckbox" onclick="javascript:RunMe();">Vælg Alt!<br>
<input type="Checkbox" id="UdvalgteCheckbokse" name="id[]" value="1" >Æbler<br>
<input type="Checkbox" id="UdvalgteCheckbokse" name="id[]" value="3" >Bananer<br>
<input type="Checkbox" id="UdvalgteCheckbokse" name="id[]" value="9" >Kokosnødder<br>
</body>
</html>